聚合物水泥防水涂料和聚合物水泥防水砂浆存在多方面的区别，具体如下：
成分方面
聚合物水泥防水涂料：以聚丙烯酸酯乳液、乙烯 - 醋酸乙烯酯共聚乳液等聚合物乳液与各种添加剂组成有机液料，再和水泥、石英砂、轻重质碳酸钙等无机填料及各种添加剂所组成的无机粉料，通过合理配比、复合制成，常简称JS防水涂料 2。
聚合物水泥防水砂浆：是以水泥、细骨料为主要材料，是经有机聚合物改性的水泥基复合材料，为单复合型粉砂状产品，由水泥、骨料和可分散在水中的有机聚合物搅拌而成 12。
性能特点方面
聚合物水泥防水涂料：强度低、柔韧度高，做出来的防水层具有很高的弹性 17。
聚合物水泥防水砂浆：粘结强度高，和易性好；施工方便，可在潮湿基面、低温条件下施工；耐腐蚀，耐受热，耐低温，耐老化；无害无味，不污染环境；可直接在防水层上做各种饰面；不过其柔韧度不好，容易断裂，但比较坚硬 1。
适用场景方面
聚合物水泥防水涂料：适合防水效果要求高，而且容易变形的建筑物，比如未入住的新楼盘装修防水 17。
聚合物水泥防水砂浆：应用在防水效果要求不是特别高的地方，如已入住多年的小区防水 17。
施工工艺方面
聚合物水泥防水涂料：通常将有机液料和无机粉料按比例混合搅拌均匀后即可涂刷施工，但不同产品具体施工要求有差异。
聚合物水泥防水砂浆：防水砂浆涂抹前，基层混凝土和砂浆强度应不低于设计值的80%；基层要平整、坚固、洁净，有油污、孔洞等需处理，地下防水要检查并处理渗漏点；施工前基层面需充分润湿且无积水；必须用砂浆搅拌机或手提电钻配以搅拌齿进行现场搅拌，不能人工拌和，搅拌时间比普通砂浆长，一次搅拌量根据抹灰速度定，搅拌好的砂浆要在1小时内用完，施工中可依环境适量加水；管根部、地漏口、结构转角等细部构造处要增强处理；抹灰厚度应一致，各层紧密贴合，如需留茬采用阶梯坡形茬且离阴阳角处200mm，接茬要依层次顺序操作，搭接宽度不小于100mm；抹灰总厚度根据防水等级确定，地上工程宜为4 - 6mm，地下工程≥6.0mm，复合水泥防水砂浆抹灰二至三遍，每层2 - 3mm，头一层干燥成膜后再抹第二层，底层抹灰表面应压实、抹平；凝结后进行自然养护，养护温度不低于5℃ 1。
价格方面
通常情况下，聚合物水泥防水涂料（JS）的价钱比聚合物水泥防水砂浆高一些 17。
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