聚合物水泥防水涂料和聚合物水泥砂浆存在多方面区别，具体如下：
原料方面
聚合物水泥防水涂料：一种以聚丙烯酸酯乳液、乙烯 - 醋酸乙烯酯共聚乳液等聚合物乳液与各种添加剂组成的有机液料，再和水泥、石英砂、轻重质碳酸钙等无机填料及各种添加剂所组成的无机粉料通过合理配比、复合制成 ，有代表性的如 JS - 复合防水涂料 1。
聚合物水泥砂浆：由水泥、细砂和聚合物添加剂构成。 而聚合物防水砂浆（属于聚合物水泥砂浆的一类特殊材料）不仅含有水泥和细砂，还添加了聚合物改性剂和防水剂 3。
特点方面
聚合物水泥防水涂料：做成的防水层具有很高的弹性，强度低、柔韧度高 。适合用于对防水效果要求高，且容易变形的建筑物 ，比如未入住的新楼盘装修防水使用。比如新建筑可能因为沉降、温度变化等因素发生一定形变，该涂料能适应这种变化而保持防水效果 2。
聚合物水泥砂浆：
普通的聚合物水泥砂浆具有较高的黏结强度和抗压强度，可用于承受较大荷载的结构部位，但抗水性相对较弱，不适用于具有较高水压冲击的场所；
像聚合物防水砂浆这类特殊的聚合物水泥砂浆防水抗渗效果好，能与结构形成一体，抗腐蚀能力强，耐高湿、耐老化、抗冻性好。但柔韧度低，比较坚硬，容易断裂 ，适用于防水效果要求不是特别高的地方，比如已入住多年的小区做防水工程 123。
施工方面
聚合物水泥防水涂料：基层处理要求基层表面应平整、结实、无蜂窝、麻面、灰尘和油污及其它表面附着物，阴阳角应做成圆弧形，施工前应对基层缺陷进行修补。通常是将有机液料和无机粉料混合搅拌后，直接涂刷在基面上，施工过程相对对基层的湿润度等要求不是特别苛刻在严格按比例调配涂料后涂抹施工，可能需要多遍涂刷以保证厚度和防水效果 。
聚合物水泥砂浆：
普通聚合物水泥砂浆施工时需要按一定比例调配水泥、细砂和聚合物添加剂，并充分搅拌后使用，施工后需要进行养护以保证强度和稳定性；
聚合物防水砂浆（属于特殊的聚合物水泥砂浆）涂抹前基层混凝土和砂浆强度应不低于设计值的 80%，基层要平整、坚固、洁净，无浮尘杂物等，若为地下防水要检查渗漏点并堵漏处理。基层面要用水充分润湿但无积水时可施工，用砂浆搅拌机或手提电钻配以搅拌齿现场搅拌，不能人工拌和，搅拌时间比普通砂浆长。一次搅拌量根据抹灰速度确定，搅拌好的需在 1 小时内用完。在管根部、地漏口、结构转角等细部构造处需进行增强处理。施工后无需额外养护，干燥后便可达到防水效果 23。
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